Powszechnie występującymi przedstawicielami dzikiej fauny w Beskidzie Sądeckim są m.in. jelenie, sarny i dziki (Bogaczyk 1993). Dość często pojawiają się wilki, rysie, żbiki, borsuki, kuny, a czasem nawet niedźwiedzie. Ptaki reprezentowane są przez cietrzewie, kuropatwy, pustułki, kanie, krogulce, myszołowy, przepiórki, kruki, głuszce, dzięcioły czarne oraz bociany czarne. Wśród płazów i gadów zamieszkujących doliny Popradu i Dunajca, na uwagę zasługują padalec, jaszczurka, salamandra, traszka, ropucha, zaskroniec, żmija zygzakowata i wąż Eskulapa. W beskidzkich rzekach pływają okonie, jelce, głowacze, łososie, pstrągi, a nawet raki.
W niższych partiach Beskidu Sądeckiego, gdzie zaznacza się strefa pogórska, zachował się częściowo drzewostan liściasty (Kondracki 1998). Na znacznych obszarach strefy pogórskiej prowadzone jest sadownictwo i warzywnictwo. Pasma Radziejowej i Jaworzyny porośnięte są głównie przez lasy bukowo-jodłowe piętra regla dolnego z domieszkami wiązu, jesiona i jawora. Lasy porastają znaczne powierzchnie grzbietowe, ale także strome zbocza dolin rzecznych. Największą lesistością (niemal 80%) odznaczają się okolice Wierchomli i Leluchowa. Piętra regla górnego sięgają jedynie masywy Radziejowej i Jaworzyny Krynickiej.
Niedźwiedź jest symbolem utworzonego w 1987 roku Popradzkiego Parku Krajobrazowego o powierzchni ok. 52 tys. ha. Był to drugi park krajobrazowy, jaki powstał w Karpatach. W jego obrębie znajduje się ponad 100 pomników przyrody oraz kilkanaście rezerwatów przyrody, w których chroni się fragmenty puszczy karpackiej. Są to następujące rezerwaty: Kłodne nad Dunajcem (bogata flora porostów), Pusta Wielka (reliktowa sosna), Nad Kotelniczym Potokiem (zniszczony przez wiatr drzewostan świerkowy), Baniska (drzewostan porastający wychodnie skalne), Barnowiec (olbrzymie jodły; ochrona już od 1905 roku), Łabowiec, Uhryń, Hajnik (bogata roślinność dna lasu), Lembarczek, Wierchomla (wychodnie piaskowcowe z rozpadlinami), Żebracze (miejsce gawrowania niedźwiedzia), Las Lipowy Obrożyska, Okopy Konfederatów Barskich (umocnienia z XVIII wieku).