Miasto Muszyna położone jest w kotlinie na wysokości ok. 450-520 m n.p.m. u ujścia Muszynki i Szczawnika do Popradu. Na zachodzie wznosi się Mikowa Góra (638 m n.p.m.) położona w obrębie Rezerwatu Obrożyska. Na południu znajduje się Sucha Góra (562 m n.p.m.), a na południowym-wschodzie Malnik (727 m n.p.m.) należący do pasma Zimnego-Dubnego. Pomiędzy ujściem Muszynki a ujściem Szczawnika wznosi się Góra Zamkowa, znana też pod nazwą Góra Baszta. Przez Muszynę przebiega droga wojewódzka 971 łącząca Krynicę-Zdrój z Piwniczną-Zdrojem oraz linia kolejowa z Tarnowa w kierunku Słowacji. W późniejszym okresie powstała linia kolejowa do Krynicy-Zdroju. Ul. Zazamcze prowadzi w kierunku wsi Złockie, w której również znajdują się urządzenia uzdrowiskowe. Złockie nie jest jednak uzdrowiskiem statutowym. Powierzchnia miasta wynosi 23,96 km2, natomiast liczba ludności sięga prawie 5 tys. osób.