Próbę oszacowania ruchu turystycznego w uzdrowiskach województwa małopolskiego podjęła Małopolska Organizacja Turystyczna w wydanym w 2006 roku opracowaniu pt. "Atrakcyjność oferty miejscowości uzdrowiskowych w Małopolsce". Niestety, w opracowaniu wzięto pod uwagę m.in. dwie miejscowości które nie są uzdrowiskami statutowymi (Wieliczka, Bochnia), natomiast nie wspomina się o Żegiestowie, Krakowie-Swoszowicach i Wapiennym, czyli miejscowościach posiadających status uzdrowiska. Podstawą do przeprowadzenia oszacowań były dane Urzędu Statystycznego dotyczące turystycznych obiektów zbiorowego zakwaterowania, badania ankietowe i wiedza ekspertów. Dane Urzędu Statystycznego na temat osób korzystających z noclegu nie uwzględniają odwiedzających jednodniowych, osób nocujących u rodziny lub znajomych oraz "szarej strefy", dlatego zostały uzupełnione przez zastosowanie innych metod badawczych. Dzięki temu oszacowano ilu turystów (za których uznano osoby korzystające z każdego rodzaju noclegu) oraz odwiedzających (osoby korzystające z każdego rodzaju noclegu i osoby przybywające na jeden dzień) przyjeżdża do poszczególnych uzdrowisk.
Najbardziej popularnym uzdrowiskiem województwa małopolskiego jest według Małopolskiej Organizacji Turystycznej Krynica-Zdrój, którą odwiedziło prawie 600 tys. gości, z czego ok. 450 tys. zatrzymało się na dłużej niż na jeden dzień. Na drugim miejscu znalazła się Szczawnica z 200 tys. odwiedzających. Do Piwnicznej-Zdroju przybywa prawie 70 tys. osób, natomiast do przedostatniej w rankingu Muszyny ok. 55 tys. osób. Generalnie, do wszystkich uwzględnionych miejscowości przybyło w 2005 roku 1,25 mln odwiedzających. Liczba odwiedzających w przypadku każdego z uzdrowisk była około czterokrotnie wyższa od liczby osób korzystających z noclegów podawanej przez Główny Urząd Statystyczny. Należy także zwrócić uwagę na wyraźne niedoszacowanie liczby odwiedzających w odniesieniu do Wieliczki, która w niniejszym zestawieniu znalazła się dopiero na ostatnim miejscu (46 tys. odwiedzających). Według danych Kopalni Soli, trasę podziemną w 2005 roku zwiedziło aż 1,03 mln osób. Tak duża rozbieżność wynika z faktu, że zdecydowana większość przybywających do Wieliczki osób nie zatrzymuje się na nocleg, natomiast podstawą szacowań w badaniach Małopolskiej Organizacji Turystycznej była właśnie liczba osób korzystających z noclegu.
Szacunki ruchu turystycznego w małopolskich uzdrowiskach w 2005 roku